O instituto funciona dende 1962, inicialmente era un instituto só feminino, baixo a denominación de Instituto Nacional de Bachillerato Femenino "Nuestra Señora de la Guía", en 1981, transformouse en Instituto Mixto adoptando como nome o da parroquia viguesa de Freixeiro na que estaba situado (Instituto de Bachillerato San Tomé de Freixeiro), en 1998 nun afán de galeguizar axeitadamente a súa denominación, transfórmase no "IES San Tomé de Freixeiro".
vigo.org