O instituto funciona dende 1962, inicialmente era un instituto só feminino, baixo a denominación de Instituto Nacional de Bachillerato Femenino "Nuestra Señora de la Guía", en 1981, transformouse en Instituto Mixto adoptando como nome o da parroquia viguesa de Freixeiro na que estaba situado (Instituto de Bachillerato San Tomé de Freixeiro), en 1998 nun afán de galeguizar axeitadamente a súa denominación, transfórmase no "IES San Tomé de Freixeiro".
Realízanse intercambios culturais cos seguintes países: Francia e Holanda.
O centro participa nos programas europeos: Comenius 1 e 2.
Actividades complementarias: teatro, fotografía, cursos de guitarra, internet.
Equipamento e instalacións
O instituto conta con 803 m2 de superficie útil repartidos en 4 andares e que acollen un total de:
· 26 aulas teóricas.
· 5 aulas prácticas (laboratorios de idiomas, física, química, ciencias naturais, e aula de tecnoloxía).
· 2 salas de medios audiovisuais.
· Aulas de informática, música e proxeccións.
· 2 salas de debuxo técnico e artístico/ modelado.
· 1 biblioteca.
· 1 ximnasio cuberto.
· 1 salón de actos.
· 13 seminarios didácticos e diversas dependencias destinadas a despachos.
· Salas de profesores, xuntas e de atención a pais e nais.
· Departamento de orientación.
· Oficinas.
· Conserxería.
· Cafetería.
· Patio de 3.000 m2 e xardín